视频简介
在百子成功渡过地表入侵，山地基因危机，Ari智能危机以及天幕辐射危机的5年后，天空人和小oHeda领导的地表人又回到了地面。 在重建家园的时候，意外发现大战前美国国防建立的海底智能化基地由于备用供电终止，浮出水面。 在探索后发现，基地并没有幸存者。 在修好了供电设备后，天空人进入了海底基地的控制系统，原来这是在冷战时期就开始研发的太空战基地，之所以修在海底是为了安全和保密。 海底基地可以接入还在运行的军事卫星，意外发现美国已经偷偷和宇宙的神族文明取得了联系，神族文明的外交舰队已在百年前出发，现在已进入银河系的边缘。 神族文明发现地球文明已经不复存在。 同时ari当时备份在宇宙空间站的系统错误判定神族文明的来意，希望他们能帮助人类重建家园。 然而神族文明却已开始了殖民地球的计划。 外交舰队的任务是消灭地球残留文明建立新的秩序。 天空人和地表人将如何利用...。小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家，于是由双叶镇出发展开路程。在其后，小智的同伴小刚归队，二人邂逅了小光。自此，三人一同结伴旅行。 几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败于达克多，4强出局。 神奥之旅随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地方。翌日日出后，小智和小刚回到关都地方，在往真新镇及尼比市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅正式划上句号。。
